La temporada 2000 fue la última para SEAT dentro del Campeonato del Mundo de Rallys. A mediados de ese mismo año presentaba la tercera y última evolución del Córdoba WRC diseñado por SEAT Sport en colaboración con el centro técnico de SEAT en Martorell, alcanzando su máximo nivel de desarrollo.

Estéticamente, el nuevo SEAT Córdoba WRC Evo3 apenas se diferenciaba de su predecesor, el paragolpes delantero era ligeramente distinto con una entrada de aire adicional a ambos lados del intercooler. También se modificaba la distribución de pesos, optimizándose para un mejor comportamiento y el motor, aquí se mantendría la potencia establecida de 300Cv con varias mejoras en las prestaciones como la incursión de mariposas motorizadas electrónicamente para dar una respuesta más importante al motor y el PAR, entregando 539Nm frente a los 470,7Nm de las anteriores versiones. Otra de las modificaciones importantes fue a petición de Didier Auriol y radicaba en la transmisión, ahora el diferencial trasero podía ser activo o mecánico según las preferencias de pilotaje. Mientras que en el habitáculo destacaba un nuevo diseño de salpicadero totalmente renovado, incluía un display digital en el centro para controlar todas las funciones del coche y leer toda la información.

La última evolución del Córdoba se presentaba en el Rally de Finlandia, aunque el mejor resultado de la marca española se produjo en la penúltima cita del Campeonato, Australia, Toni Gardemeister terminaba en sexta plaza y Didier Auriol, Octavo.

SEAT y el Córdoba WRC E3 se despidieron del campeonato del mundo de Rallys en Gran Bretaña alineando cuatro coches en línea de salida, nuevamente Harri Rovanperä se volvía a poner a los mandos por última vez del Córdoba, junto a él, Didier Auriol, Toni Gardemeister y Gwyndaf Evans dieron la despedida a la aventura del fabricante español en la máxima categoría de los Rallys.

Para la temporada 2001, SEAT Sport hizo correr su última creación, el Evo 3 en los campeonatos nacionales. Presentaba un programa deportivo para abordar el Campeonato de España de Rallys de Asfalto y de Tierra. Por un lado, SEAT Telefónica Movistar con Salvador Cañellas como piloto y Alberto Sanchís en las labores de copiloto para participar en el certamen sobre asfalto y SEAT Repsol YPF con Marc Blázquez y Michael Huete, acompañados por los copilotos Jordi Mercader y Xavier Amigo respectivamente para afrontar el campeonato de Tierra. Además del programa nacional, Marc Blázquez participaría en cuatro citas del mundial de Rallys, Portugal, Argentina, Cataluña y Grecia sin mucha suerte en sus esporádicas participaciones con diversos abandonos, al contrario que en el nacional de tierra, donde se proclamaba campeón de España ese mismo año a bordo del SEAT Córdoba.