La segunda evolución del SEAT Córdoba WRC presentaba importantes cambios, destacando una imagen totalmente renovada acorde con el restyling del nuevo modelo de serie, presentado en el Salón de Barcelona en 1999.
La aerodinámica jugo un papel muy importante en esta nueva versión, el paragolpes se modificó por completo tanto en la parte frontal como en la parte posterior, se eliminaron los faros antiniebla, el labio delantero y las salidas laterales, se modificaron las tomas de aire para la refrigeración de los frenos y el alerón trasero fue sustituido por uno de menos ángulo. Era ligeramente mas largo que el E1, aunque su batalla no variaba.
Mecánicamente
los cambios que sufría la segunda evolución era la incorporación de un nuevo
turbo Garret con mayor respuesta y una nueva gestión electrónica donde los
diferenciales pasaban a ser todos activos, incluido el trasero, que era
mecánico en la versión anterior, Evo1.
El nuevo Córdoba WRC Evo2 recibía su homologación el 1 de agosto de 1999 y marcaba en el calendario la fecha de su debut, el Rally de Finlandia. Antes de la cita mundialista y como preparación a modo de test del nuevo coche, SEAT participo con Harri Rovampera en el Rally Channel Four del campeonato finlandés. Aquí, Harri le dio al nuevo Córdoba su primer triunfo internacional por delante de Juha Kankkunen (Subaru Impreza WRC).
En la cita mundialista el balance fue positivo, el Córdoba WRC Evo2 guiado por los pilotos locales Rovampera y Gardemeinster lograban una quinta y sexta plaza respectivamente. Además, Toni Gardemeinster lograba marcar el scratch en el tramo número 18 (Hauhanpohja) .
Los resultados más destacables para el equipo español fueron 5º en el Rally de China, 6º en Australia y la tercera posición en Gran Bretaña con Harri Rovampera, última cita del campeonato y última carrera también para Harri a bordo del Seat Cordoba WRC.
Para la
temporada 2000 del WRC, SEAT mantuvo conversaciones con el piloto español
Carlos Sainz para incorporarse al equipo, aunque finalmente decidió firmar con
Malcolm Wilson y el equipo Ford . SEAT contrato otra de las opciones que tenía
sobre la mesa, Didier Auriol –Campeon del Mundo 1994- se unió a la estructura española
una vez liberado de su contrato con Toyota, teniendo como compañero de equipo
al Finlandés Toni Gardemeister.
En el exigente Rally Safari de Kenia, Didier Auriol protagonizo para SEAT la mejor carrera de la historia del Córdoba WRC en el mundial de Rallys, llegando a liderar el Safari siendo el más rápido en la primera sección y manteniéndose en los puestos de cabeza desde la primera etapa hasta final de Rally, logrando una increíble tercera posición demostrando la competitividad y la fiabilidad en una de las carreras más duras del mundo tras el Rally Dakar.
La versión EVO2 del SEAT Cordoba WRC siguió compitiendo durante la temporada 2000 hasta el Rally de Nueva Zelanda, para ser sustituido en Finlandia por la tercera y última evolución diseñado por SEAT Sport en colaboración con el Centro Técnico de SEAT en Martorell.
